中药祖传秘方的专利保护，历来争论不休，专利代理人主张申请专利，而业内人士一般主张用商业秘密来保护；其实都对也都不全面，要具体情况具体分析；
首先，知识产权包括专利、商标、地理标志以及商业秘密等多种形式；其次，具体采取何种形式要根据利益最大化的原则来选取；第三，对于中药祖传秘方，要根据权利人对其了解的程度和控制力来决定采取何种具体方法以获得最大利益。
1、如果只是常用药物的特殊组合，很容易绕过，最好采用商业秘密的形式保护；2、如果常用药物的组合，用特殊的工艺制备，可以将药物的组合申请专利，而特殊的工艺采用商业秘密的形式保护，别人抄你的处方也没用；3、使用特定地点的药物原料，可以结合原产地地理标志进行保护；4、如果能够提取单体，申报化合物专利，保护范围是最大的。
所以对于中药祖传秘方，我们可以通过不同的途径来保护我们的中药祖传秘方，初期，申请中药材植物品种保护并且申请原产地地理标志，申请中药品种保护，同时将原料产业化；中期申请组方专利，进行深加工，制成各种剂型；后期既可以提单体申请化合物专利，同时加上驰名商标以及衍生物的化合物专利。
针对中药祖传秘方是否申请专利及技术保密的问题，先寻求有合作意想的医院或者相关的研究机构进行合作，通过保密协议以及合同的方式来共同研制开发，之后对中药祖传秘方申请专利。
中药祖传秘方申请专利时，我们要提交中药祖传秘方的申请文件，该申请文件包括权利要求书、说明书、说明书摘要；最重要的申请文件为权利要求书和说明书，权利要求书用于确定中药祖传秘方的保护范围；说明书用于解释支持权利要求书。
中药祖传秘方申请专利时，许多中药祖传秘方的申请人又想申请专利又想保护自己的秘方，这样导致在撰写过程中权利要求书存在缺少必要技术特征的问题，为了避免这个问题，在中药祖传秘方申请专利的过程中，申请人要提供详细的技术交底书，写出哪些原料药是中药祖传秘方中必不可少的成分，同时还要给出哪些成分可被相同功能的成分替代；这样我们在撰写权利要求书时会用上位的概念来保护中药祖传秘方，会扩大中药祖传秘方的保护范围。
在中药祖传秘方的说明书撰写中，说明书应包括发明名称、技术领域、背景技术、发明内容、具体实施方式；技术领域要写明中药祖传秘方直接应用的技术领域；背景技术写明已有的中药组合物存在的技术问题；发明内容要记载权利要求书所述的中药祖传秘方的技术方案；具体实施方式要记载实施所述祖传秘方最优的技术方案，通常具体实施方式要提供药理实验，来支持权利要求书所述的祖传秘方的有益效果。因为保护中药祖传秘方，实际上是保护一个新的中药组方；这样只要证明该中药组方在所要保护的治疗用途上的有效性就可以了。